Ametyst er et tredelt krystallsystem, krystallen er sekskantet søyleformet, den sylindriske overflaten er tverrgående, det er venstre form og høyre form, tvillingkrystall er veldig vanlig.Hardheten er 7. Krystallen inneholder ofte uregelmessige eller bevingede gass-væske inneslutninger.